Ngày 27/3/2017 ông Trần Đình Quỳnh, Chánh Văn phòng Ủy ban nhân dân Tp Đà Nẵng, cho biết Thường trực Thành ủy đã có ý kiến chỉ đạo cơ quan chức năng rà soát, kiểm tra lý do vì sao thông tin kê khai tài sản ông Thơ bị lọt ra ngoài. Theo ý kiến của ông Thơ hồ sơ này không chỉ là hồ sơ kê khai tài sản mà đây là hồ sơ kê khai kèm theo lý lịch phục vụ cho công tác bổ nhiệm chức danh chủ tịch vào cuối năm 2014. Hồ sơ này do cơ quan chức năng Thành ủy quản lý và nộp cho cơ quan trung ương.

Trước đó, một số báo điện tử có đưa tin khi còn làm Phó Chủ tịch UBND thành phố, ông Huỳnh Đức Thơ kê khai sở hữu căn nhà diện tích xây dựng 300m², cùng 4 mảnh đất có diện tích từ 150m² đến 1.021m² ở trung tâm Đà Nẵng và tỉnh Quảng Nam. Ngoài ra, ông Thơ còn góp vốn 3ha đất trồng rừng và sở hữu 1,5ha đất nuôi tôm. Ông Thơ cũng kê khai tài sản góp vốn ở 4 cơ sở sản xuất kinh doanh với giá trị kê khai 2,5 tỷ đồng (không ghi rõ là cơ sở sản xuất kinh doanh nào) và mua cổ phiếu Công ty Dana - Ý 500 triệu đồng từ năm 2007.[9]